特殊的结构特点以及颜色变化十分丰富，是独山玉和其他玉石较易区分的特点。同一块独山玉的玉料，可能同时出现两到三那种甚至更多的颜色，颜色较为鲜艳。翠绿的独山玉粗看有点像翡翠，不过若是观察仔细的话，可以看到独山玉所具有粒状结构或是溶蚀交代结构。其主要的矿物有斜长石、翠绿铬云母，透明度较好。而翡翠或是软玉的内部结构是纤维交织结构。

独山玉和翡翠的区别，细分来说如下。绿色独山玉的颜色是由铬云母或是含铬绿泥石所引起的，沿着小裂隙形成了浓绿色短线状，小脉状的色带，而且颜色不够鲜艳，偏蓝偏灰。

绿色独山玉的绿色色脉里，比较常见有黑色色斑，也就是暗色矿物，这在强光照射下仍然是黑色的。但是绿色翡翠本身就是黑点少见，就算有黑，在强光下也可看到翠绿色。